Les personnes atteintes de lupus demandent fréquemment si la thérapie par la lumière rouge est sans danger (compte tenu de leur photosensibilité), comment elle interagit avec l'hydroxychloroquine et si elle peut soulager les douleurs articulaires ou la fatigue. Bien que les longueurs d'onde de la lumière rouge et proche infrarouge soient situées en dehors du spectre ultraviolet connu pour déclencher les poussées de lupus, il n'existe actuellement aucun essai clinique portant spécifiquement sur le lupus érythémateux systémique (LES) ; par conséquent, la consultation d'un médecin demeure essentielle.

La luminothérapie rouge pourrait contribuer à la prise en charge des maladies auto-immunes en réduisant l'inflammation, le stress oxydatif et les dysfonctionnements mitochondriaux. Les preuves sont les plus solides pour la polyarthrite rhumatoïde et le psoriasis, tandis que les données concernant le lupus, la sclérose en plaques et les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin restent limitées. Son utilisation doit être prudente, sous surveillance médicale, en complément et non en remplacement des traitements prescrits.