Roodlichttherapie kan de behandeling van auto-immuunziekten ondersteunen door ontstekingen, oxidatieve stress en mitochondriale disfunctie te verminderen. Het bewijs hiervoor is het sterkst bij reumatoïde artritis en psoriasis, terwijl de gegevens over lupus, multiple sclerose en inflammatoire darmziekten beperkt zijn. Het moet met mate en onder medische begeleiding worden gebruikt, als aanvulling op – en niet als vervanging van – de voorgeschreven behandeling.